Klíčová témata výzkumu
- paleoekologie údolní nivy v raném středověku, zejména problematika zaniklých říčních ramen (rekonstrukce říční sítě, vodního režimu a vodních biotopů; řešení otázek hospodářského a symbolického významu řeky v životě raně středověkého mocenského centra; otázka geografických predispozic osídlení, otázka povodní apod.).
- hospodářské základy mocenského centra, zejména problematika hospodářského zázemí (struktura osídlení v zázemí centra, úroveň a organizace rostlinné a živočišné výroby, zajišťování centra potravinami, surovinami a službami, podíl lovu a rybolovu, otázka uskladňování obilnin, substitenční strategie apod.).
- struktura a vývoj mocenského centra, zejména problematika opevnění, organizace vnitřního prostoru a funkce jednotlivých sídlištních komponent (revize datování a konstrukčních otázek fortifikace, výpověď velkoplošného nedestruktivního výzkumu hradiště, výpověď nového detailního terénního výzkumu sídlištních stratigrafií na předhradí)
- sociální struktura velkomoravské populace, zejména ve světle pohřebišť (interdisciplinární výzkum v oblasti hrobové archeologie a antropologie s uplatněním „nových“ bioarcheologických metod)
- odraz christianizace a církevní organizace v archeologických pramenech, zejména problematika kostelů a sakrálních areálů (stavební podoba mikulčických kostelů, stavební technologie, datování, liturgické funkce).